Tak u pořádné knihovny je stejně adresářová struktura zcela nepodstatná a pracuje se jen s metadaty a hledáním v DB stylu, že to je na pohled "fyzicky v adresářích" je vedlejší.
A naopak knihovna "mimo strukturu adresářů" ve skutečnosti má fotky taky fyzicky v adresářích, jen jsou někdy maskovány jako jediný soubor, ale když je třeba, tak z nich vesměs jdou soubory vykopírovat i mimo daný program. Opravdu to není "binární import" někam přímo do DB, to je oblíbený omyl 
Za mne je takto řešená knihovna lepší pro menší celky - samozřejmě pro nějaké akce, nebo třeba limitovanou velikost času typu "každý rok založím knihovnu". Pak klady jasně převažují - soubory na jediném místě, jasná záloha (když někam odzrcadlím knihovnu, tak prostě vím, že mám všechny příslušné soubory).
Externě linkované soubory jsou lepší pro "obrovské knihovny" v řádu terabytů, já mám třeba aktuálně v LR cca 100 tisíc fotek a tam už mi docela vyhovuje, že to může být snáze roztaženo přes více disků (třeba poslední rok na rychlém SSD, naopak historie odložena na NAS).